Для моего монитора без разницы, через чего задавать, т.е. если я в меню монитора поставлю яркость 200 cd/m2, а в меню Color munki задам яркость 100 cd/m2, то после калибровки монитор, в своём меню, так же будет показывать 100 cd/m2, монитор с обратной связью.
Раньше когда у меня был другой монитор, самсунг на pva, я настраивал яркость на глаз через меню монитора т.к. меню работает на прямую с железом монитора и задаёт яркость ламп подсветки, а калибратор работает с видеокартой.
Вот что пишут об этом здесь
http://photokaravan.com/Lab/Kalibrovka-monitoraСуществует мнение, что можно выставить просто максимальную яркость в настройках монитора, а программа сама потом приведет ее к правильному значению. Действительно, приведет. Но не надо забывать, что сигнал видеокарты имеет всего 8 бит. Если потребуется коррекция яркости монитора вдвое (а это вполне реальное значение) путем внесения поправок в сигнал видеокарты, то эффективно сигнал будет иметь уже только 7 бит. Результатом будет уменьшение плавности тональных переходов в изображении. Поэтому яркость монитора всегда лучше приводить к минимально возможной, при которой еще достигается необходимая яркость белого.