Прочитал всю тему, попробовал jhead, ShowExif, Exif Tag Remover, exiftool и FastStone Image Viewer, а потом мне в голову совершенно простая идея пришла — на конечном этапе, когда перед вами уже однослойное несжатое изображение (в формате tiff, psd, к примеру) делаем следующее:
1) Выделяем все изображение и копируем его в буфер;
2) Создаем новый файл;
3) Вставляем из буфера наше изображение.
Для этого можно сделать простой экшн.
Далее делаем обычные операции: вписываем ключевые слова, конвертируем в нужный цветовой профиль, конвертируем в 8 бит на канал, сохраняем в jpeg.
Если у этого способа есть значимые недостатки, поправьте меня.