Как у них все на самом деле, мы никогда не узнаем. Но можно предположить, что:
У Шаттера два сервера (или группы серверов, что не принципиально). Просто как минимум для того, чтобы если один выйдет из строя, то не прекратилось бы обслуживание клиентов.
И на втором сервере они держат предыдущую версию базы. Для того, чтобы если очередная индексация пойдет криво, то можно было быстро откатить на версию базы до индексации, просто переключив клиентов на второй сервер. А потом уже без спешки разобраться с проблемой на отключенном от клиентов первом сервере.
И откаты к предыдущей версии, которые мы видим - это либо как раз те ситуации, когда что-то пошло не так, либо какие-то большие манипуляции над базой на первом сервере, которые нельзя сделать на "живой" базе из-за проблем с целостностью, производительностью или просто из-за боязни что-то сломать на глазах у клиентов.
Судя по моим логам эта болтанка у них началась 2 марта, до этого были обновления четко раз в день в районе 2-4 утра GMT.