Ну программа же не в пустоту грузит, верно? То что она рапортует успешную загрузку означает как минимум то, что с указанным в настройках сервером было успешно установлено соединение, файл туда ушел и фтп ответил успешным статусом. Что дальше с файлом делает фтп - это уже зависит от него.
Я, когда обнаружил проблемы с 123, специально проверил: залил файлы на тот же самый ftp не сабмиттером, а файлзилой (разница по времени между загрузками была мин. 7-10, так что вряд ли что-то поменялось на сайте). Так вот все (ВСЕ) файлы залитые файлзиллой оказались на месте и успешно считались системой. Из того же батча, залитого сабмиттером, на сайте оказалось процентов 30 картинок, остальные делись неизвестно куда. Статус у всех картинок из батча выставился как "засабмичено".
Так что не знаю, кто там и что делает, но проблема явно с тем, как картинки загружаются (если они вообще загружаются).