Еще +1 за nnbackup+nncron.
Начать можно с того, что просто настроить синхронизацию ночью в заданное фремя файлов со второго диска с файлами с первого диска.
А уж потом играться со всякими продвинутыми сценариями, программы очень продвинутые, хотя и с аскетичным интерфейсом.
