Все правильно. Чтобы не было полупрозрачной рамки, надо сливать все изображение в задний план (flatten). Если изображение не слито, фотошоп считает, что оно окружено прозрачным полем и при уменьшении со сглаживанием учитывает его.
Обычно пользуюсь бикубик шарпеном (он после уменьшения пропорционально шарпит картинку, чтобы не терялась резкость из-за антиальясинга), если качество после уменьшения критично - просто бикубиком с точечным шарпом хайпассом.